一．缓冲液的选择
缓冲液的选择不仅要考虑目标物的稳定性，还要考虑与微环境结合的实际应用情况，尽量减少非特异性结合。使用无关蛋白质、非离子剂除垢剂和生理盐浓度有利于降低背景。同时还有一些其他条件，如有些靶标可能需要在缓冲液中添加二价阳离子或其他辅助因子，蛋白质辅助因子可以与靶标共同固定，也可以添加到分选缓冲液中，甚至可以作为捕获靶标的一种方法。
二．选择压的考虑
常见的选择性压力考虑因素包括：目标分子的浓度、结合时间和洗涤强度。提高选择压力的其他技术包括使用变性剂（如酸、尿素和胍）、有机溶剂、提高温度或增加洗涤缓冲液中竞争配体或目标物的浓度。第一轮筛选尤为重要，其目的是从构建的文库中捕获尽可能多的阳性克隆，同时去除非特异性克隆，筛选时应使用多孔后涂层靶标或大量可溶性靶标，以确保捕获大量结合噬菌体，从而保持文库的多样性。
三．如何减少抗原标签和载体材料对筛选效率的影响
在筛选过程中，可能会筛选出针对抗原上所有物质的共轭物，如抗原标签、融合蛋白和载体材料。为了克服这个问题，通常可以使用针对非目标的负筛选来限制针对目标抗原以外的抗体的富集。例如，在使用链霉亲和素磁珠筛选生物素化蛋白质之前，可将文库与链霉亲和素磁珠和生物素化非目标蛋白质预结合，以减少这类不需要的结合物的比例。
四．如何去除复杂的抗原混合物
对于未知或复杂的目标分子，如全细胞或不纯蛋白质，可进行严格的负向筛选。例如，在事先不了解目标蛋白，但非目标蛋白是已知的情况下对全细胞进行负向筛选。在负向筛选过程中，噬菌体展示文库首先与非目标抗原对应的重组蛋白孵育。然后将未结合的噬菌体转移到目标抗原上进行筛选。
五．固相与液化抗原筛选法的选择
当抗体库容量大、目标抗体预期拷贝数高或亲和力高、抗原来源丰富时，固化抗原筛选法可靠易用，有利于获得高亲和力、高特异性的抗体。当预计目标抗体较难获得或固化抗原筛选不成功时，可采用生物素化抗原液相筛选法。当筛选的目的是选择高亲和力抗体时，液相筛选法具有明显的优势，尤其是解离率筛选更为高效、快速和可重复，是一种较为理想的手段。
六．文库筛选的方法选择
在第一种情况下，如果受体的结构特性已知，并且可以方便地获得受体的线性中和区或多肽片段，那么就可以使用经典筛选策略或高通量筛选。这种策略简单易行，可以筛选出具有高亲和力的抗体，但有可能抗体与天然受体没有任何结合活性。第二种情况是，如果受体的结构特性已知，但没有纯化的蛋白质，则可采用全细胞优化筛选策略或高通量筛选。第三种情况是受体未知，使用适当的阴性细胞来屏蔽共有抗原，然后筛选靶细胞以获得特异性抗体。